Городская клиническая больница №11 города Новосибирска начинает свою историю в 1930 году в период строительства завода «Сибкомбайн». В начале был открыт здравпункт в первом цехе завода, в последствии он был реорганизован в поликлинику №8. Далее учреждение было переименовано в больницу №30 открыт стационар на 30 коек терапевтического и травматологического профиля. Вскоре «Сибсельмаш» стал крупным промышленным предприятием, и для больницы было освобождено целиком здание центральной лаборатории завода.

В 1994 году больница медсанчасти «Сибсельмаш» была переименована в городскую клиническую больницу №11, и открыто отделение функциональной диагностики. На базе профилактория открывается гастроэнтерологическое отделение на 45 коек. Позже на базе городской клинической больницы №11 начали работать некоторые кафедры Новосибирского государственного медицинского института. В 1998 году больничный комплекс был передан с баланса «Сибсельмаш» на баланс управления здравоохранения.

Сейчас в городской клинической больнице №11 медицинская помощь предостовляется жителям Ленинского, Кировского и Советского районов города, ежегодно стационарное лечение получают порядка 26000 пациентов.